资料表明，天目药业大股东是杭州现代牵头投资有限公司(下称现代牵头)，实际掌控人是章鹏飞及其妹妹章丽萍。不过，自章鹏飞接掌天目药业4年以来，公司必要或间接变为章鹏飞个人的“提款机”。现代牵头也曾公告白鱼并购资产以发展主业，不过都不了了之。2009年12月8日，天目药业称之为将并购鑫富药业厂区整体资产。然而20天后，天目药业就和鑫富药业签订了项目并购中止合约。然而在双方签订项目中止协议的当天，大股东现代牵头就平安保险了0.95%的股份。这并不是个案，公告表明，章鹏飞在接掌天目药业后，通过质押、平安保险等手段不时地从上市公司中提取现金，当中还屡屡有违规现象经常出现。

大股东屡屡违规1月13日，由于天目药业在遵守信息透露义务和根本性事项内部审查会程序等方面不存在违规，倒数再次发生有限公司股东及其关联方非经营性闲置上市公司资金的事项，上交所对天目药业及其原董事长章鹏飞、原董事兼任总经理郑智强、财务副总监吴青平展开公开发表指责。一个月后，2月24日，公司又公告称之为因大股东现代牵头牵涉到郑奇诉案，其持有人的天目药业2488万股无限购流通股遭到失效，失效期限为公告日起的两年。除了大股东屡屡违规之外，天目药业旗下明确药品也陷于违规泥潭。5月份，在云南省食品药品监督管理局监测的29个违法药品广告中就有天目药业子公司黄山市天目药业有限公司(下称黄山天目)的“桑麻丸”。